Este estudo teve como objetivo pesquisar a ocorrência e diversidade molecular de coronavírus aviários em codornas e galinhas criadas nas mesmas propriedades e determinar o papel epidemiológico das codornas na bronquite infecciosa das galinhas (BIG). Para isso, foram coletados em granjas localizadas no estado de São Paulo e Espírito Santo pools de aparelho reprodutivo, pulmões, rins, traquéia e conteúdo entérico de codornas e galinhas com histórico de manifestações clínicas compatíveis com BIG. Estas amostras foram testadas para coronavírus aviário mediante uma semi-nested RT-PCR dirigida a região não-traduzida 3 (3´UTR) e as amostras positivas foram submetidas a RT-PCR do gene codificador da proteína RNA-polimerase RNA-dependente (RdRp) e duas RT-PCR, incluindo uma tipo multiplex dirigidas a proteína de espícula S do vírus da BIG, para genotipagem. Amplicons ou fragmentos amplificados da 3'UTR (a partir de amostras de codorna) foram clonados e sequenciados. Outras duas RT-PCR foram utilizadas para detecção de metapneumovírus aviário (aMPV) e o vírus da doença de Newcastle (NDV). Coronavírus aviários foram encontrados em todos os tipos de amostras estudadas em galinhas e codornas criadas nas mesmas propriedades, sendo que aMPV subtipo B foi encontrado em galinhas e o NDV não foi encontrado em nenhuma amostras. Todos os coronavírus aviários encontrados, foram classificados como variantes pela multiplex RT-PCR, não sendo entretanto, obtidas sequências de DNA para o gene S. Com base em sequências de DNA para os genes codificadores da proteína RdRp e da região 3´UTR pode-se demonstrar que as codornas estudadas apresentaram o coronavírus aviário identificados como próximo àqueles relacionados à bronquite infecciosa das galinhas, havendo diversidade molecular filogeográfica para os vírus de codornas. Desta forma, sugere-se que as codornas podem servir como reservatórios para coronavírus aviários onde haja criações em proximidade com outras espécies aviárias.

This study aimed to investigate the occurrence and molecular diversity of avian coronavirus in quails and laying hens, raised on the same farms and determine the role of quails in the epidemiology of avian infectious bronchitis (IB). To this end, pools of lungs, trachea, female reproductive tracts, kidneys and enteric contents were collected from quails and laying hens flocks with IB-like symptoms, co-housed in farms located in Sao Paulo and Espírito Santo states, Brazil, during 2009-2010. Chickens and quails samples were screened for IBV with an RT-PCR to the 3UTR and positive samples were submitted to RT-PCRs to the RNA-dependent RNA-polymerase gene (RdRp) and two different RT-PCRs to the spike gene, including a typing-multiplex one. Amplicons of 3UTR (from quails samples) were cloned and sequenced. Two other RT-PCRs were used to detect the avian metapneumovirus (aMPV) and Newcastle disease virus (NDV). Avian coronavirus was found in all types of samples analyzed in chickens and quails raised on the same farms, aMPV subtype B was found in chickens and the NDV was not observed in any samples. All avian coronavirus found were classified as variants by multiplex RT-PCR, however, DNA sequences for gene S were not obtained. Based on the DNA sequences for genes encoding the protein RdRp and the 3'UTR region can be show that avian coronavirus in quails are closely related to avian infectious bronchitis virus, with a molecular phylogeographic diversity for quails viruses; thus, quails might act as reservoirs for avian coronaviroses when in close contact with other avian species.