As aves silvestres são consideradas importantes reservatórios de diversos vírus aviários que podem afetar aves comerciais. Dessa forma, o monitoramento das aves silvestres é fundamental para garantir a sanidade dos plantéis avícolas brasileiros. Nos últimos anos, o número de espécies de aves nas quais os coronavírus aviários foram encontrados aumentou vertiginosamente em diversos países. Contudo, poucos estudos envolvendo a detecção de coronavírus aviários em aves de cativeiro e aves silvestres ou sinantrópicas foram realizados no Brasil. Assim, o presente estudo teve como objetivo identificar a presença dos coronavírus aviários em aves silvestres no Brasil e caracterizá-los molecularmente. As amostras foram testadas através do teste de RRT-PCR para detecção do gene UTR do IBV, bem como uma nested-PCR para detecção do gene S1 dos coronavírus aviários. O sequenciamento de alto desempenho foi utilizado para caracterizar os vírus detectados. No total, foram testadas 300 amostras de aves silvestres (147 suabes orofaringeanos e 153 suabes cloacais). No total, 27 amostras foram positivas pelo teste RRT-PCR. Duas amostras de Anseriformes das amostras positivas no teste de RRT-PCR foram selecionadas para sequenciamento de alto desempenho. Em ambas as amostras sequenciadas foi constatada a co-infecção pelos vírus da bronquite infecciosa e vírus da doença de Newcastle. A análise das amostras demonstrou alta identidade com vírus vacinais, o que demonstra que estirpes vacinais utilizadas na imunização de aves de produção circulam em aves silvestres e de produção de subsistência.

Wild birds are an important reservoir of different viruses that can affect poultry. Viral surveillance in wild birds is, thus, extremely important to ensure the poultry heal in Brazil. In recent years, the number of species of birds in which avian coronaviruses have been found skyrocketed in several countries. However, few studies involving the detection of avian coronaviruses in captive wild birds or wild life birds were conducted in Brazil. Thus, the present study aimed to identify the presence of avian coronaviruses in Brazil and characterize them molecularly. Samples were tested by RRT-PCR test for detection of the UTR gene of IBV, as well as a nested-PCR for detection of S1 gene. In total, 300 samples of wild birds (147 oropharyngeal swabs and 153 cloacal swabs) were tested. In total, 27 samples were positive in RT-PCR assay. Two positive samples in RRT-PCR assay were selected for Next-generation sequencing. In both sequenced samples, co-infection with infectious bronchitis virus and Newcastle disease virus was found. The analysis of samples showed identity with vaccinal strains used in immunization of commercial flocks circulate in wild birds and subsistence flocks.