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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.10.2009.tde-10022009-094446
Documento
Autor
Nome completo
Sibele Pinheiro de Souza
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2008
Orientador
Banca examinadora
Brandão, Paulo Eduardo (Presidente)
Castilho, Juliana Galera
Jerez, José Antonio
Título em português
Epidemiologia molecular em um surto de disenteria de inverno em bovinos leiteiros adultos no Estado de São Paulo e descrição de genótipos para o Coronavírus bovino (BCoV)
Palavras-chave em português
Bovinos
Coronavírus
Epidemiologia
Genealogia
Molecular
Resumo em português
O coronavírus bovino (BCoV) é classificado no Grupo 2 do gênero Coronavirus da ordem Nidovirales, família Coronaviridae, causando disenteria (disenteria de inverno) em bovinos adultos, diarréia em bezerros neonatos e processos respiratórios em bovinos adultos e jovens. No presente estudo, 21 amostras fecais de vacas leiteiras colhidas durante um surto de disenteria em uma propriedade de Paranapanema no Estado de São Paulo positivas para BCoV foram submetidas a reações de PCR para amplificação parcial dos genes codificadores das proteínas S (448pb) e HE (441pb) do BCoV. Destas amostras, 14 foram positivas para cada PCR (não simultaneamente), sendo os fragmentos amplificados submetidos a seqüenciamento de DNA para reconstrução genealógica por máxima parcimônia através de algoritmo heurístico em conjunto com seqüências homólogas recuperadas do GenBank. Considerando-se o gene S, a identidade de nucleotídeos entre as 14 amostras aqui estudadas foi de 100%, tendo as mesmas segregado em um grupo exclusivo; além disso, demais amostras brasileiras incluídas no estudo segregam em outros dois grupos. Em relação ao gene HE, as 14 amostras estudadas apresentaram identidade de nucleotídeos de 100%, mas a árvore genealógica apresentou topologia pouco resolvida, tendo estas amostras, segregado em grupo politômico com as seqüências homólogas incluídas. Comparações entre os diversos grupos nas árvores do gene S em termos de aminoácidos revelaram marcadores grupo-específicos, com substituições exclusivas para as amostras de BCoV aqui estudadas. Com base nestes resultados, conclui-se que, durante o transcorrer do surto de disenteria de inverno, uma única linhagem de BCoV estava presente, baseado no seqüenciamento parcial dos genes S e HE e que há pelo menos três genótipos de BCoV presentes no Brasil em relação ao gene S e ao menos um em relação ao gene HE, considerando-se as regiões gênicas e as seqüências incluídas no presente estudo.
Título em inglês
Molecular epidemiology in an outbreak of winter dysentery in adult dairy cattle in the state of São Paulo and description of genotypes for Bovine coronavirus (BCoV)
Palavras-chave em inglês
Bovine
Coronavirus
Epidemiology
Genealogy
Molecular
Resumo em inglês
Bovine coronavirus (BCoV) is classified in group 2 of the genus Coronavirus, family Coronaviridae, order Nidovirales, and causes winter dysentery in adult bovine, neonatal calf diarrhea, and respiratory disorders in both adult and young bovine. In this investigation, 21 fecal samples from dairy cows collected during an outbreak of dysentery in a farm located at Paranapanema, São Paulo State, all positive to BCoV, were submitted to PCRs to partial amplification of genes S (448bp) and HE (441bp ) of BCoV. Fourteen out of these samples were positive for each PCR (not simultaneously) and the amplicons were submitted to DNA sequencing for genealogic reconstruction with maximum parsimony and heuristic algorithm with homologous sequences retrieved from the GenBank. Regarding S gene, the nucleotide identity among the 14 strains was 100% and these segregated in an exclusive cluster; furthermore, the other Brazilian strains included in the analysis segregated in other two clusters. Taking into account the HE gene, the 14 strains analyzed presented a nucleotide identity of 100%, but the genealogic tree showed a low-resolved topology, having these samples segregated in a polytomic cluster with the homologous sequences included. Amino acid comparisons among the different clusters in the trees of gene S revealed cluster-specific markers, with exclusive substitutions for the BCoV strains studied herein. Based on these results, one can conclude that, during the winter dysentery outbreak, a single BCoV lineage was involved based on partial S and HE genes sequences and that there are at least three genotypes of BCoV in Brazil regarding S gene and at least one regarding HE gene, taking into account the gene regions and the sequences included in this investigation.
 
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Data de Publicação
2009-04-03
 
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