Doenças infecciosas entéricas das aves comerciais apresentam uma etiologia complexa e são distribuídas mundialmente, acarretando elevadas perdas econômicas. Aliadas à possibilidade de infecções únicas ou concomitantes entre diversos patógenos, as gastroenterites podem se refletir em outros sistemas, contribuindo ainda mais para a queda da performance dos lotes. Recentemente, foi detectado um coronavírus no conteúdo intestinal de aves apresentando despigmentação e diarréia. Este vírus, denominado de CECoV (chicken enteric coronavírus) é sugestivo de pertencer ao grupo 2, divergente dos demais coronavírus comuns em aves, pertencentes ao grupo 3 do gênero Coronavirus. No Brasil, há uma grande necessidade no conhecimento acerca da participação dos agentes virais nas diarréias de aves, sendo este um passo fundamental para o estabelecimento de medidas profiláticas específicas e para a exportação de produtos avícolas. Este estudo teve por objetivos detectar este coronavírus do grupo 2 em aves de corte, poedeiras comerciais e matrizes com e sem diarréia pela técnica de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente (gene RdRp) dos coronavírus do grupo 2, estabelecer a relação genealógica entre diversas amostras detectadas deste vírus com base em seqüências dos genes RdRp, gene codificador da proteína de espícula (S), gene codificador da proteína hemaglutinina-esterase (HE), gene 5, gene 3 e região 3'UTR e realizar o diagnóstico diferencial com reovírus, rotavírus, variedades enterotrópicas do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBIG), astrovírus e adenovírus. O coronavírus CECoV foi detectado em 25 de 119 amostras de conteúdo entérico de aves de corte, matrizes e poedeiras com e sem diarréia, em diversas granjas produtoras no Brasil, pela técnica da reação em cadeia pela polimerase dirigida ao gene RdRp. O CECoV tem papel como agente primário e secundário em processos patológicos do trato digestório de aves e, ao serem analisadas filogeneticamente, diferentes amostras de CECoV formaram um grupo único com base no gene RdRp dentro do grupo 2 do gênero Coronavirus, possuindo homologia com coronavírus do grupo 3 na região 3'UTR, sendo sua origem sugerida como um evento de recombinação entre coronavírus dos grupos 2 e 3. Através do estabelecimento de uma rotina de diagnóstico diferencial, as freqüências de ocorrência de vírus entéricos em aves de produção criadas nas 119 granjas no Brasil foram: rotavírus=48,74%, reovírus=2,52%, VBIG=65,54%, CECoV=21% e astrovírus=3,36%.

Infectious enteric diseases in poultry have a complex etiology and a worldwide distribution, causing large economic losses. Along with the possibility of single or multiple infections by different pathogens, enteric diseases may also be reflected in other systems, contributing even more to the fall of performance in the affected flocks. Recently, a coronavirus was detected in the intestinal contents of chickens with depigmentation and diarrhea. This virus, named CECoV (chicken enteric coronavirus), has been suggested as belonging to group 2, divergent of the common avian coronaviruses, which belongs to the group 3 of the genus Coronavirus. In Brazil, there is a great need for the knowledge on the role of viral agents in diarrhea of poultry, what is a fundamental step for the establishment of specific prophylactic measures and for the exportation of poultry-derived products. The present study aimed the detection of this group 2 coronavirus in broilers, laying hens and breeders with and without diarrhea using a PCR targeted to the gene coding for the RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) of group 2 coronaviruses, the establishment of the genealogical relationship among the different strains detected based on sequences of the RdRp, the genes coding for the spike protein (S gene), hemagglutinin-esterase protein (HE gene), gene 5, gene 3 and the 3' UTR and the differential diagnosis with reovirus, rotavirus, enterotropic strains of infectious bronchitis virus (IBV), astrovirus and adenovirus. CECoV was found in 25 out of 119 samples of enteric contents of broilers, breeders and laying hens in different farms in Brazil using the PCR to the RdRp. CECoV has a role as a primary and secondary pathogen in pathological processes of the enteric tract of poultry and the phylogenetic analysis showed that different strains of CECoV formed an unique cluster based on the RdRp inside the group 2 of coronaviruses, harboring homology with group 3 coronaviruses in the 3'UTR, being its origin suggested as a recombination event between coronaviruses of groups 2 and 3. By the establishment of a routine of diagnosis, the frequencies of enteric viruses in the 119 poultry farms surveyed were: rotavirus = 48.74%, reovirus = 2.52%, IBV = 65.54%, CECoV = 21% and astrovirus = 3.36%.