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Master's Dissertation
DOI
https://doi.org/10.11606/D.10.2012.tde-02122013-160012
Document
Author
Full name
Luciana Simeoni Scanavini
Institute/School/College
Knowledge Area
Date of Defense
Published
São Paulo, 2012
Supervisor
Committee
Ferreira, Antônio José Piantino (President)
Knöbl, Terezinha
Mettifogo, Elena
Title in Portuguese
Desenvolvimento de uma reação em cadeia pela polimerase para a detecção de coronavírus de perus (TCOV), por meio de um fragmento da região S2 de seu genoma
Keywords in Portuguese
Coronavírus
Patologia aviária
PCR
Perus
TCoV
Abstract in Portuguese
A partir de amostras de campo de diferentes regiões do país, o TCoV foi identificado em aves de 13-84 dias, em órgãos como intestino, rins e traqueia, por uma reação em cadeia pela polimerase para a região 3' UTR e o gene 3. A presença deste coronavírus nesses diferentes órgãos, que não o intestino, sugere a presença de uma diferente estirpe, com características fenotípicas mais próximas em relação ao vírus da Bronquite Infecciosa das Galinhas (BIG), o IBV. Ao mesmo tempo, um perfil considerando a idade das aves positivas foi desenhado por um teste T de duas amostras, que mostrou maior positividade em aves mais jovens. Com a finalidade de desenvolver um novo ensaio de PCR, várias sequências do TCoV disponíveis no GenBank foram alinhadas, um segmento gênico foi desenhado e submetido a diferentes condições de reação. Um fragmento de 436 pb foi obtido, sequenciado e apresentou 100% de identidade quando sua sequência foi comparada a sequência completa do TCoV. A reação mostrou boa repetibilidade, bem como boa reprodutibilidade, e algumas amostras de campo não se apresentaram positivas.
Title in English
Development of a polymerase chain reaction for turkey coronavirus detection (TCOV), by a fragment from the S2 region of its genome
Keywords in English
Avian pathology
Coronavirus
PCR
TCOV
Turkeys
Abstract in English
TCOV was identified from field samples of birds with 13-84 days, from different regions of the country, and from organs such as intestine, kidneys and trachea, by polymerase chain reaction for 3' UTR region and gene 3. The presence of this coronavirus in these different organs, not intestine, suggest a different strain, with similar phenotype observed in Infectious Bronchitis Virus (IBV). At the same time, a profile considering age of positive birds was designed by a Two sample T-test, which showed higher positivity in younger poults. Several TCOV sequences obtained from GenBank were aligned, and a genic segment was designed and submitted to different conditions in reaction in pursuit to develop a new PCR assay. A 436bp fragment was obtained, sequenced and presented 100% ID when compared to a TCOV complete sequence. The reaction featured good repetition, and reproduction as well, and some field samples did not turn out on positive results.
 
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Publishing Date
2014-02-19
 
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