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Dissertação de Mestrado
DOI
10.11606/D.10.2012.tde-24072012-125517
Documento
Autor
Nome completo
Ana Carolina Furlanetto Mançanares
E-mail
Unidade da USP
Área do Conhecimento
Data de Defesa
Imprenta
São Paulo, 2012
Orientador
Banca examinadora
Miglino, Maria Angélica (Presidente)
Oliveira, Lilian de Jesus
Zimberknopf, Erica
Título em português
Análise proteômica do intestino primitivo de embriões bovinos
Palavras-chave em português
Embrião
Intestino primitivo
MudPIT
Proteína
Proteômica
Resumo em português
O desenvolvimento de biotecnologia de embriões em animais de produção é prejudicado por perdas no primeiro trimestre da gestação, idade em que o intestino primitivo está sendo estabelecido. O estudo das proteínas contidas no intestino primitivo nesta fase inicial da gestação pode aumentar o conhecimento sobre as vias moleculares envolvidas no desenvolvimento embrionário normal e em perdas de embriões, assim como a sua participação na organogênese e diferenciação celular. Intestino primitivo de embriões de bovinos a partir dos 39 SD ± 4 dias de desenvolvimento (variando de 33 a 45 dias) foram coletados em um matadouro local. As amostras foram processadas e agrupadas para análise proteômica shotgun label-free usando MudPIT (Multidimensional Protein Identification Technology). Análise funcional e de via foram feitas usando FatiGO (www.babelomics.org); Pathway Express (http://vortex.cs.wayne.edu/ ontoexpress) para identificar as ontologias relevantes e vias canônicas ou não-canônicas representada pelas proteínas expressas no Intestino primitivo. Um total de 74 proteínas ou sequências randômicas foram identificadas, correspondentes a 30 proteínas específicas expressas pelo Intestino primitivo bovino. Das 30 proteínas únicas, 21 proteínas foram utilizadas na ontologia e análise de vias. As análises mostraram um enriquecimento de ontologias relacionadas com a ligação (N = 5); atividade catalítica (N = 6); organela intracelular (N = 6). Houve um enriquecimento de ontologias associado às modificações do citoesqueleto; processo de diferenciação celular (N = 3), a migração celular (N = 4) e no metabolismo celular (N = 6). Além disso, a via e a análise de rede mostraram um enriquecimento de vias de comunicação entre células, tais como junções comunicantes e tight e as vias de adesão focal. Além disso, as vias envolvidas no movimento celular (por exemplo, vias de regulação do citoesqueleto de actina e a migração transendotelial de leucócitos) foram extremamente enriquecimento no grupo de proteínas expressas pelo Intestino primitivo bovino. Nossos resultados sugerem que as células do intestino primitivo tem alto perfil migratório e são compostas de células não totalmente diferenciadas, com alto metabolismo celular. A migração e a diferenciação destas células poderiam determinar o destino do embrião em desenvolvimento. Além disso, a compreensão da função e interação de proteínas expressas pelo embrião normal fornecerá informações sobre o impacto das biotecnologias reprodutivas no desenvolvimento do embrião durante a implantação e placentação.
Título em inglês
Proteomic analysis of primitive gut from bovine embryo
Palavras-chave em inglês
Embryo
MudPIT
Primitive gut
Protein
Proteomic
Resumo em inglês
The development of embryo biotechnology in farm animals is hampered by embryo losses in first trimester of gestation, period in which the primitive gut is being established. The study of proteins contained in the primitive gut at this early stage of pregnancy may increase the knowledge about the molecular pathways involved in normal embryonic development and loss of embryos, as well as their involvement in organogenesis and cell differentiation.primitive gut from bovine embryos on day 39 SD± 4 of development (ranging from 33 to 45 days) were collected at a local slaugtherhouse. The samples were processed and pooled for label-free shotgun proteomics analysis using MudPIT (Multidimensional Protein Identification Technology) tandem MSE acquisition. Functional and pathway analysis using FatiGo (www.babelomics.org); Pathway Express (http://vortex.cs.wayne.edu/ ontoexpress) and Ingenuity Pathway Analysis (www.ingenuity.com) were used to identify relevant ontologies and canonical or noncanonical pathways represented by the expressed proteins in the primitive gut. A total of 74 protein sequences were identified corresponding to 30 unique proteins expressed by the bovine primitive gut. out of 30 unique proteins, 21 proteins were used on the ontology and pathway analysis. The ontology analysis showed an enrichment of ontologies related to binding (N=5); catalytic activity (N=6); intracellular organelle (N=6). There was an enrichment of ontologies associated to cytoskeleton modifications; cell differentiation process (N=3); cellular migration (N=4) and cell metabolism (N=6). Furthermore, the pathway and the network analysis showed an enrichment of cell-to-cell communication pathways such as gap and tight junction, and focal adhesion pathways. In addition, pathways involved in cellular movement (regulation of actin cytoskeleton and leukocyte transendothelial migration) were extremely enrichment in the group of proteins expressed by the bovine primitive gut. Our results suggested that the cells from primitive gut have high migratory profile and are composed of not fully differentiated cells with high cellular metabolism. The proper migration and differentiation of these cells would dictate the fate of the developing embryo. Moreover, understanding the function and interaction of proteins expressed by normal embryo will give clues of the impact of the reproductive biotechnologies in embryo development during the window between implantation and placentation.
 
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Data de Publicação
2012-10-01
 
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